Twórczość thumb|Rękopis motetu Omnium bonorum plena Za życia cieszył się wielkim uznaniem, o czym świadczy treść epitafium na płycie nagrobnej oraz liczne wzmianki w dziełach współczesnych. Wspomina go Franchinus Gaffurius w traktacie Practica musicae (1496), Guillaume Crétin w lamencie na śmierć Ockeghema, Eloy d’Amerval w Le livre de la deablerie (1508), a także François Rabelais w prologu do IV księgi Gargantui i Pantagruela. Compère utrzymywał znajomość ze słynnymi poetami i pisarzami epoki, m.in.: Jeanem Molinetem, Jeanem Lemaire de Belges i księciem Jeanem II de Bourbon, których teksty wykorzystywał później w swojej twórczości pieśniarskiej. Jego utwory cieszyły się dużą popularnością i zachowały się w licznych odpisach i drukach.
Napisał dwie msze 4-głosowe (L’homme armé i Allez regretz), 4-głosowe części mszalne (Kyrie, Gloria, Credo, Credo „Mon père”, Sanctus), trzy cykle motetów mszalnych (Missa Ave Domine Jesu Christe na 4 lub 5 głosów, Missa Hodie nobis de Virgine na 4 głosy i Missa Galeazesca na 5 głosów), 25 motetów na 3–5 głosów, 5 chansons motetowych 3-głosowych, 52 chansons 3–4-głosowych, dwie frottole 4-głosowe.