Jego działalność wychowawczą w pracy z młodzieżą harcerską przerwała we wrześniu 1939 r. napaść niemiecka na Polskę. Marian Pilarski namawiał młodzież do działalności konspiracyjnej. W październiku 1939 r. powołał do życia Tajną Organizację Harcerską, która w późniejszym czasie weszła w skład Szarych Szeregów. W Chełmie założono dwa ogniwa tej organizacji: w Śródmieściu i w dzielnicy Pilichonki. Ustanowiono też ogniwa na terenie powiatu: Rejowiec, Siedliszcze, Olchowiec i Wojsławice. Organizacja ta nawiązała kontakt z Chorągwią Lubelską za pośrednictwem Władysława Smoleńskiego. Utrzymywano też współpracę z organizacją włodawską. Członkowie podziemnych ogniw harcerskich byli przygotowani do podjęcia akcji dywersyjnych. Punkt kontaktowy chełmskiej organizacji harcerskiej znajdował się przy ul. Lubelskiej 47 w kawiarence „Szarotka”, stanowiącej współwłasność Pilarskiego, a funkcjonującej od maja 1940 r. Na początku maja 1941 r. został aresztowany przez gestapo Włodzimierz Bondarczuk, komendant ZHP na powiat Włodawski. W czasie śledztwa ujawnił on rolę Pilarskiego w działalności konspiracyjnej. Rezultatem stały się przeprowadzone 15 maja 1941 r. aresztowania chełmskich działaczy harcerskich. W więzieniu przy ul.