Był to jego pierwszy obiekt w Wenecji i zarazem pierwszy wenecki kościół w stylu renesansowym. Projekt fasady i wykorzystanie istryjskiego kamienia wywarły bardzo duży wpływ na wenecką architekturę sakralną. Sześciokątna Cappella Emiliana na lewo od fasady została ufundowana z woli Margherity Vitturi, wdowy po Giovannim Emilianim. W 1527 roku Guglielmo dei Grigi zaprezentował model kaplicy, a prace budowlane rozpoczęły się w roku następnym. W 1529 roku Giovambattista da Carona otrzymał zlecenie na wykonanie grup rzeźbiarskich do trzech ołtarzy we wnętrzu oraz posągów św. Jana Chrzciciela i św. Małgorzaty dla upamiętnienia Giovanniego Battisty Emiliani i Margherity Vitturi. Sześć eliptycznych okien wykonano w 1533 roku z witrażami Giovambattisty, przeora Ospedale dei Battuti na Murano. W 1539 roku Giovanni Antonio da Carona otrzymał zlecenie na budowę ołtarzy, a sam Guglielmo dei Grigi ukończył dekorację kaplicy kładąc w 1540 roku marmurową posadzkę. Prace ostatecznie zakończyły się w 1543 roku. Kaplica została odrestaurowana w latach 1560–1562 przez Jacopa Sansovina.
XIX wiek W 1807 roku Napoleon wybrał sąsiednią wyspę San Christoforo della Pace pod cmentarz miejski. W 1810 roku kanał, który dzielił wyspy San Michele i San Cristoforo, został zasypany w celu rozbudowy cmentarza na wyspę San Michele.