W 1815 roku Anne przeprowadziła się z domu rodzinnego, w którym była nieszczęśliwa, do Shibden Hall, i zamieszkała ze swoim wujem Jamesem i ciotką Anne, którzy pozostawali wolnego stanu. Pod okiem pastora Samuela Knight, późniejszego wikarego Halifax, uczyła się łaciny, greki, algebry i geometrii, grała także na flecie. Była pierwszą kobietą wybraną do Halifax Literary and Philosophical Society. Po śmierci wuja w 1826 roku Lister została jedynym wykonawcą jego testamentu i właścicielem majątku Shibden. Kiedy w 1836 roku zmarli jej ciotka i ojciec, Anne Lister stała się całkowicie niezależna finansowo. Odziedziczyła rodzinną posiadłość, którą odnowiła dzięki swoim staraniom, sprzedawała i dzierżawiła ziemie pod zabudowę, kopalnie węgla i kamieniołomy. Wybudowała hotel, na którego przebudowy z pomocą architekta Johna Harpera często przeznaczała kwoty przekraczające jej dochody. Oburzenie budziło, że sama prowadziła interesy i nadzorowała pracowników. Anne była anglikanką i toryską. Uważała, że związki lesbijskie są czystą formą miłości. W 1814 roku związała się z Marianą Belcombe, i romans ten trwał po ślubie Mariany z Charlesem Lawtonem w 1816 r. Po kilku innych związkach Lister wywołała skandal, kiedy ogłosiła zamiar poślubienia dziedziczki Ann Walker (1803–1854) z Lightcliffe, Halifax, która od 1834 r.