W rok po przeniesieniu Valladollid Majowie powstali w rebelii przeciw kolonizatorom, zostali jednak pobici przez oddziały sprowadzone z Meridy.
Następne wieki hiszpańskiej epoki kolonialnej na Jukatanie przyniosły zarówno schyłek religijnej kultury Majów, jak i rozwarstwienie społeczne, które doprowadziło do wybuchu w 1847 r. tzw. wojny kast (Guerra de Castas). Kolonizatorzy brutalnie podporządkowali sobie miejscową ludność traktując ją jako siłę roboczą, nawracając na wiarę katolicką i w pogardzie mając ich własną kulturę. Wzniecane co raz rebelie i powstania (np. wielki zryw w 1761 r., któremu przewodził Jacinto Canek) były bezlitośnie i krwawo tłumione. Wybicie się Meksyku w 1821 r. na niepodległość i włączenie do niego wśród wewnętrznych starć w 1823 r. Jukatanu pogorszyło sytuację materialną Majów. Wielkie obszary Jukatanu przeznaczone zostały na plantacje tytoniu, trzciny cukrowej i agawy sizalowej, często kosztem ziem należących do społeczności Majów. Ich nowi właściciele (Yucatecos, czyli potomkowie europejskich kolonizatorów) sprowadzili pozycję większości okolicznych Majów do eksploatowanej niczym niewolnicy warstwy pracowników najemnych lub nakładali na nich rujnujące daniny i podatki. Formalnie wolni i przewyższający Yucataneos liczbowo, Majowie upomnieli się w 1847 r.