W Ibarrze wydał najbardziej znaną ze swoich prac Ogólną Historię Republiki Ekwadoru obejmującą okres od czasów prekolumbijskich do XVIII w. (ostatecznie dzieło liczyło siedem tomów wydanych w latach 1890 - 1903) oraz w 1899 napisał poświęconą archeologii Los orígenes del Imbabura al Carchi (opublikowaną w 1909). W książkach zawierał wiedzę zdobytą podczas kwerend archiwów ekwadorskich i hiszpańskich oraz uzyskaną na podstawie własnych wykopalisk archeologicznych.
14 grudnia 1905 papież Pius X mianował go arcybiskupem Quito. W 1909 prowadził spór terytorialny z biskupem kolumbijskiej diecezji Pasto św. Ezechielem Moreno OESA, na potrzeby którego napisał serię listów publikowanych w prasie. W spór zaangażowani byli także katolicy i pisarze z Ekwadoru i południowej Kolumbii. Ostatecznie papież przyznał rację abp Gonzálezowi y Suárezowi. W 1909 założył Ekwadorskie Towarzystwo Amerykańskich Studiów Historycznych (od 1920 Narodowa Akademia Historii). Na katedrze w Quito przyszło mu się również zmierzyć z antyklerykalną polityką reżimu prezydenta Eloya Alfaro,