Pigot chciał rozbudować byłe National Congress Battalions, nieregularną formację militarną, która była częściowo przeszkolona przez Brytyjczyków, w milicję na podobieństwo już istniejącej w Wielkiej Brytanii. 1 stycznia 1801 ogłosił on proklamację wzywającą mężczyzn, którzy walczyli w batalionach powstańczych, do wstępowania w szeregi nowej formacji, która miała sięgnąć liczby 900 mężczyzn. Proklamacja została odczytana w miastach i wioskach dziewięć dni po jej ogłoszeniu, i wkrótce milicja osiągnęła swój pełny stan. Oficerskie stopnie w tej formacji otrzymali przedstawiciele maltańskiej szlachty. Milicja składała się z trzech dywizjonów, każdy podzielony na trzy kompanie: Pierwszy dywizjon (centralny) kompania Valletta kompania Bormla kompania Isla Drugi dywizjon (wschodni) kompania Zeitun i Gudia kompania Zabbar i Tarxien kompania Zurrico i Siggieui Trzeci dywizjon (zachodni) kompania Notabile i Naxaro kompania Birchircara kompania Zebbug i Casal Lia Dowódcą pierwszego dywizjonu był hrabia de Gatto, drugiego – Simeone Spiteri Gana, zaś trzeciego – markiz Parisi.
Jednocześnie sformowane zostały dwie kompanie artylerii nadbrzeżnej, które utworzyły Maltese Militia Coast Artillery.