Około połowy 1805 w pułku było ogólnie 514 oficerów i żołnierzy, liczba ta wzrosła do 758 w połowie 1806. Cywilny Komisarz Malty Alexander Ball był niezadowolony z braku dyscypliny w pułku, i chciał aby wysłano mężczyzn jak najszybciej na Gibraltar lub Sycylię. Royal Regiment of Malta osiągnął swoją najwyższą liczebność 942 mężczyzn w 1807, kiedy składał się z dziesięciu kompanii. W kwietniu 1807 pułk brał udział w otoczeniu fortu Ricasoli podczas buntu pułku Froberga.
10 listopada 1807 około 950 mężczyzn z pułku dołączyło do sił brytyjskich na Sycylii. We wrześniu 1808 załadowali się oni na statki w porcie Milazzo by wzmocnić garnizon na Capri, zajmując po drodze miasteczko Diamante. Kompanie pułku zostały rozdzielone pomiędzy główne miasto Capri a resztę wyspy. Dwa tygodnie po przybyciu pułku, 4 października 1808, na Capri wylądowały wojska francuskie w sile 6000 żołnierzy. 15 października Francuzi zaatakowali Anacapri i większość mężczyzn z maltańskiego kontyngentu została wtedy schwytana lub zabita. Źródła podają różne liczby żołnierzy zabitych przez Francuzów: od około 75 mężczyzn do ¾ stanu pułku. 120 innych zostało rannych. Około 250 mężczyzn poddało się po wyczerpaniu prochu, zostali oni następnie uwięzieni w Neapolu i Castel Nuovo. Około 270 mężczyznom udało się uniknąć niewoli, powrócili oni na Maltę w 1809.