Po raz pierwszy pełną moc reaktor osiągnął 20 kwietnia 1982 roku.
W 2001 roku Bayernwerk AG przeszło fuzję ze spółką PreussenElektra GmbH będącą w 100% spółką-córką koncernu E.ON i zmieniło nazwę na E.ON Bayern AG.
Zgodnie z przyjętą w 2002 roku polityką odchodzenia Niemiec od energetyki jądrowej, od tego czasu nie będą już budowane nowe elektrownie tego typu, a obecnie istniejące mają zostać wyłączone w okresie 32 lat od ich uruchomienia, przy czym każda otrzymała limit produkcji energii elektrycznej. Elektrownia Grafenrheinfeld mogła wyprodukować od tego czasu 150,03 TWh energii. W 2010 roku przedłużono jednak okres użytkowania elektrowni jądrowych w Niemczech, a według nowych regulacji elektrownia Grafenrheinfeld mogła pracować o kolejnych 14 lat dłużej.
Po katastrofie Elektrowni Atomowej Fukushima Nr 1 w 2011 roku, Niemcy znacznie zmieniły politykę dot. energetyki jądrowej. W czerwcu 2011 roku wyłączenie elektrowni jądrowej Grafenrheinfeld nakazano do końca 2015 roku. W 2014 roku koncern E.ON poinformował, że jej wyłączenie nastąpi w pierwszej połowie 2015 roku, a ostateczne wyłączenie z sieci i zakończenie działalności nastąpiło 27 czerwca 2015.