W trakcie wycofania ze Strefy Gazy w 2005 roku nakazał żołnierzom uczącym się w mechinie, aby wykonywali wszystkie rozkazy i nie ulegali namowom innych rabinów, którzy wydawali religijne nakazy nieposłuszeństwa. Sytuacja była trudna, ponieważ wielu osadników miało za złe żołnierzom i jemu, że nic nie zrobili w celu zapobieżenia ewakuacji. Po ewakuacji osiedli Perec przeniósł tymczasowo swoją mechinę do moszawu Jated. Uznał, że należy dalej przekazywać młodym ludziom postawy propaństwowe, prospołeczne.
Naczelny Rabin Sił Obronnych Izraela W 2010 roku został nominowany na stanowisko Naczelnego Rabina armii. Przeciwko tej decyzji do Sądu Najwyższego wystąpiły rodziny żołnierzy, którzy zginęli w 1992 roku w katastrofie.
Od początku był przeciwny ureligijnianiu armii. Uważał, że Naczelny Rabin ma za zadanie budowanie morale żołnierzy i dbanie o ich ducha bojowego, a nie zmuszanie ich do przestrzegania szabatu. Zasłynął z wydania opinii w sprawie zakazu słuchania przez żołnierzy religijnych śpiewu kobiet. Uznał, że tacy żołnierze powinni spuścić wtedy wzrok, a nie opuszczać budynek. Przeciwny był jednak tworzeniu oddziałów mieszanych dla kobiet i mężczyzn.