Pozostawał w tym czasie w kontakcie listowym z praskimi jezuitami.
29 kwietnia 1945 r. więźniowie Dachau zostali wyzwoleni. Niecały miesiąc później, 21 maja 1945 r., przewieziono Kajpra do wspólnoty przy kościele św. Ignacego w Pradze. Za swoje zasługi dla ojczyzny 12 sierpnia 1947 r. otrzymał od prezydenta dwa odznaczenia państwowe.
Działalność apostolska i redaktorska w latach 1945–1950 15 sierpnia 1945 r. Kajpr złożył ostatnie śluby jako profes czterech ślubów Towarzystwa Jezusowego. Był znanym kaznodzieją, głosił rekolekcje i towarzyszył ludziom podczas rekolekcji ignacjańskich. Wznowił wydawanie czasopisma „Dorost”. Wkrótce został także redaktorem naczelnym tygodnika „Katolík: list pro kulturu a život z víry” (Katolik: gazeta o kulturze i życiu wiarą), który stał się dla Kajpra główną – poza działalnością kaznodziejską – przestrzenią dla głoszenia Ewangelii, a także rozpowszechniania wizji życia chrześcijańskiego i apostolstwa oraz spostrzeżeń na temat aktualnej sytuacji społecznej.