Procesy sądowe były kilkakrotnie weryfikowane. Sąd zmieniał decyzje wraz ze zmianami politycznych okoliczności. Ostateczny wyrok zapadł dopiero 16 grudnia 1993 r., gdy dokonano rehabilitacji sądowej Kajpra z powodu nielegalnego pozbawienia wolności. Został uznany za niewinnego.
Kajpr był członkiem Towarzystwa Jezusowego przez 31 lat, księdzem przez 24 lata. 12,5 roku był więziony za wiarę.
Opinia męczeństwa i świętości Sława męczeńska Wołanie o beatyfikację o. Kajpra trwa już od jego śmierci. Papież Jan Paweł II przedstawił go jako jednego z zakonników, którzy potrafili w warunkach nazistowskich obozów koncentracyjnych oraz w warunkach więziennych dawać „przykład wielkiej godności poprzez życie napełnione cnotami chrześcijańskimi” (26 kwietnia 1997) i wyraził się o nim, że „zmarł w opinii świętości” (20 maja 1995).
Z biegiem czasu jego współpracownicy, bracia, świadkowie, a później także naukowcy zaczęli wypowiadać się na temat jego godnego uwagi życia. Przedstawiono trzy przykłady, kolejne można znaleźć w książce Maximální křesťanství (Chrześcijaństwo maksymalne).