W armii polskiej W lipcu 1917 trafił do Armii Hallera, a w styczniu 1918 w stopniu podpułkownika objął stanowisko dowódcy III batalionu 1 pułku strzelców polskich. Wraz z tą jednostką wziął udział w bitwach pod Centre-Chaiton i pod Bois de Raquette. 21 kwietnia 1919 Jagniątkowski przyjechał do Warszawy transportem wojskowym. Otrzymał przydział w stopniu pułkownika do 44 pułku piechoty, z którym wziął udział w walkach na Wołyniu. W 1920 brał udział w pracach komisji zajmującej się wytyczaniem granicy polsko-czechosłowackiej. 21 maja 1922 został uhonorowany Orderem Virtuti Militari V klasy. Od 13 stycznia 1922 kierował Wydziałem I w Departamencie V Inżynierów i Saperów w Ministerstwie Spraw Wojskowych. Pod koniec życia wykładał historię wojskowości i wychowania wojskowego w Szkole Podchorążych Inżynierów w Warszawie. Zmarł w styczniu 1930 i został pochowany na Powązkach Wojskowych w Warszawie (kwatera B15-1-11).
Był żonaty (29 sierpnia 1896 poślubił Magdalenę Karpińską).
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 5607 – 27 września 1922 Krzyż Walecznych Krzyż Kawalerski Orderu Legii Honorowej Order Błyszczący Order Palm Akademickich Order Smoka Annamu Order Świętego Skarbu