w drodze na koronację w Krakowie oraz w drodze pod Grunwald), dziesięciokrotnie przebywał w klasztorze król Kazimierz Jagiellończyk, sześciokrotnie król Zygmunt Stary, trzykrotnie król Zygmunt August.
W 1607 roku po pokonaniu rokoszan w bitwie pod Guzowem do opactwa przybył Zygmunt III Waza. W latach 1611–1620 w miejscu kapitularza zbudowano barokową Kaplicę Oleśnickich.
W 1643 roku opat Stanisław Sierakowski rozpoczął przebudowę kościoła dodając do fasady gotyckiego korpusu dwie barokowe wieże, wczesnobarokową kamieniarkę odrzwi i okien o wysokim poziomie artystycznymAdam Miłobędzki "Architektura polska XVII wieku", PWN, Warszawa 1980, s.343 i od południa kaplicę Matki Boskiej Bolesnej. W 1655 roku kościół złupili Szwedzi, którzy wymordowali część zakonników. Dnia 22 marca 1661 roku, jak podawała najstarsza polska gazeta Merkuriusz Polski Ordynaryjny, król polski Jan II Kazimierz Waza wraz z małżonką oraz dworem zmierzając do Warszawy wstąpił do sanktuarium.
W roku 1690 papież Aleksander VIII obłożył opata Aleksandra Benedykta Wyhowskiego i opactwo ekskomuniką, którą zdjęto około 1706 r. Od 1709 opactwo stało się centrum polskiej kongregacji benedyktyńskiej św. Krzyża.