W 1884 roku rosyjscy zaborcy przekształcili opactwo w ciężkie więzienie kryminalne. W 1914 roku Austriacy wysadzili wieżę kościelną. Od 1936 mieścił się tu klasztor i nowicjat Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej, jednak w budynku dzisiejszego muzeum do 1939 roku nadal funkcjonowało "Więzienie ciężkie". Do 1937 roku osadzony w nim był Sergiusz Piasecki, który w celi zaczął pisać słynną powieść "Kochanek Wielkiej Niedźwiedzicy". We wrześniu 1939 roku klasztor został zbombardowany przez Luftwaffe i częściowo zniszczony. W latach 1941–1944 Niemcy w klasztorze więzili jeńców radzieckich. Po wojnie obiekt został udostępniony do zwiedzania.
16 czerwca 2013 sanktuarium podniesiono do godności bazyliki mniejszej. W 2014 roku ukończono rekonstrukcję kościelnej wieży autorstwa architekta Władysława Markulisa. W grudniu 2021 część obszaru Opactwa zostało wyłączone z terenu Świętokrzyskiego Parku Narodowego. 24 listopada 2023 Narodowy Bank Polski wprowadził do obiegu monetę pięciozłotową z wizerunkiem obiektu (seria "Odkryj Polskę")PAP, NBP. Moneta z wizerunkiem oblackiego klasztoru, w: Misyjne Drogi, nr 1/2023, s.