W 1617 roku większość budynków świątyni została zniszczona przez pożar. Część z nich została odbudowana z materiałów uzyskanych w wyniku rozbiórki zamku Fushimi. Powody, dla których do dzisiaj istnieją dwie (wschodnia i zachodnia) świątynie Hongan-ji, są czysto polityczne. Na początku XVII wieku Ieyasu Tokugawa, siogun, który sprawował realną władzę w Japonii, podżegał do schizmy pomiędzy dwoma frakcjami świątyni. Celem było ograniczenie wpływu jednej z najbardziej wpływowych świątyń w Japonii.
W 1864 roku Higashi Hongan-ji (wschodnia) została prawie w całości zniszczona przez pożar. Większość jej budynków została odbudowana w końcu XIX lub na początku XX wieku. Zachodnia Hongan-ji zachowała się. Budynki tej świątyni w dużej części zostały uznane za Skarby Narodowe Japonii, a świątynia jako całość jest wpisana na listę światowego dziedzictwa UNESCO od grudnia 1994 jako część Zespołu zabytkowego dawnego Kioto, Uji i Ōtsu.