Służba wojskowa w okresie pokoju Z powodu uczestnictwa w kursie pilotażu został powołany do służby wojskowej w 5. pułku lotniczym dopiero po jego ukończeniu, przybywając do Lidy 2 stycznia 1937 roku. Od 3 stycznia do 10 kwietnia szkolił się w pułkowej Szkole Obsługi Samolotów, a następnie trafił do Eskadry Ćwiczebnej Pilotażu w składzie Eskadry Treningowej 5. PL. Odbył tam na samolotach Potez XXV i PWS-18 drugą, zaawansowaną część szkolenia pilota wojskowego, którą ukończył na przełomie sierpnia i września 1937 roku. 15 września 1937 roku otrzymał awans na stopień starszego szeregowca. Następnie ukończył dwumiesięczny kurs wyższego pilotażu w Lotniczej Szkole Strzelania i Bombardowania w Grudziądzu i został przydzielony do 51. eskadry liniowej, od niedawna wyposażonej w nowe samoloty rozpoznawczo-bombowe PZL.23 Karaś. 19 marca 1938 roku Stanisław Zarzecki został awansowany na stopień kaprala.
5 maja 1938 roku podczas lotu grupowego dwa samoloty PZL.23 Karaś (z kpr. pil. Stanisławem Zarzeckim i kpr. pil. Ferdynandem Micelem w jednym oraz kpr. pil. Marianem Wasiakiem i ppor. obs. Hieronimem Kulbackim w drugim) zderzyły się końcówkami skrzydeł.