W głównej walce wieczoru gali Babilon MMA 16: Rutkowski vs. Runge, która rozegrała się 25 września 2020 w Legionowie, skrzyżował rękawice z Niemcem Renem Runge. Walka odbyła się w kategorii lekkiej, a wygrał ją jednogłośnie na punkty Rutkowski.
15 zawodowy pojedynek stoczył w wielkim rewanżu z Adrianem Zielińskim. Drugie starcie obu zawodników odbyło się 28 listopada 2020 na gali FEN 31: Lotos Fight Night Łódź. Pojedynek ponownie na pełnym dystansie zwyciężył jednogłośnie Daniel Rutkowski.
KSW 27 września 2021 największa polska federacja Konfrontacja Sztuk Walki ogłosiła informacje, że Rutkowski podpisał z nimi kontrakt i podała szczegóły jego debiutu podczas październikowej gali KSW 64: Przybysz vs. Santos. Tego samego dnia „Rutek” w wywiadzie dla portalu MMA Rocks ogłosił, że jego rywalem zostanie Chorwat znany ze spektakularnych nokautów, Filip Pejić. Pojedynek w drugiej rundzie zwyciężył Rutkowski, nokautując kopnięciem na głowę przeciwnika. Po walce został nagrodzony pierwszym bonusem za najlepszy nokaut wieczoru.
Podczas KSW 68: Parnasse vs. Rutkowski, która odbyła się 19 marca 2022 w Radomiu, zmierzył się z ówczesnym mistrzem Salahdinem Parnassem o pas KSW w wadze piórkowej. Przegrał przed poddanie duszeniem zza pleców w czwartej rundzie.