22 września 1858 Święta Kongregacja Rozkrzewiania Wiary zakupiła były klasztor żeński, będący wówczas koszarami wojsk francuskich, w celu utworzenia w nim instytucji kształcącej amerykańskie duchowieństwo. 7 grudnia 1859 do Kolegium przybyło pierwszych dwunastu studentów. Dzień później nastąpiło oficjalne otwarcie Kolegium pod przewodnictwem abpa Gaetano Bediniego. Pierwszym prorektorem został irlandzki benedyktyn o. Bernard Smith OSB. Od 1860 rektorami są Amerykanie.
25 października 1884 papież Leon XIII nadał instytucji prawa uczelni papieskiej. W maju 1940 Kolegium zostało zamknięte. Wznowiło działalność po zakończeniu II wojny światowej. W 1948 papież Pius XII przekazał Kolegium na własność zajmowane przez nie budynki (dotychczas były one własnością Świętej Kongregacji Rozkrzewiania Wiary, wypożyczoną amerykańskim biskupom). W latach 1946–1953 powstała nowa siedziba Kolegium.