Kariera Początkowo studiowała grę na fortepianie klasycznym. Natomiast w roku 1980 przeniosła się do klasy saksofonu na Uniwersytecie w Kopenhadze, którą ukończyła w 1984 r. Decyzja o zmianie instrumentu została przez nią podjęta pod wpływem muzyki Johna Coltrane'a i Wayne'a Shortera oraz coraz bardziej rozpowszechniającego się jazzu ekstremalnego w Skandynawii. W latach 80. uczestniczyła w kilku konkursach i warsztatach prowadzonych przez m.in.: Joe Henderson, David Murray, John Tchicai, Marilyn Mazur. Ukończyła klasę kompozycji w Rytmisk Musikkonservatorium prowadzonej przez Boba Brookmeyera w 1998 r.
Lotte Anker współtworzyła i tworzy do dziś wiele cenionych zespołów:
W 1988 r. założyła wraz z pianistką Mette Petersen kwartet Lotte Anker/ Mette Petereson Quartet. Owocem ich działań był album Beyond the Mist. Grupa w 1992 przekształciła się w kwintet z norweskim trębaczem Nilsem- Petterem Molværem. W 1995 r. została członkinią free- jazzowego trio Anker – Friis – Paulsen z gitarzystą Hasse Paulsenem i basistą Peterem Friis – Nielsenem. Współtwórca od 1996 r.12- osobowego zespołu Copenhagen Art Ensemble wraz z puzonistą i kompozytorem Ture Larsenem. W 1997 r. utworzyła trio z Marilyn Crispell i Marilyn Mazur. W 2003 r.