W latach 1793–1798 roku Ross pracował dla Brytyjskiej Kompanii Wschodnioindyjskiej. W 1799 roku powrócił do marynarki i służył jako midshipman na slupie HMS „Weazel”. Następnie służył na statkach HMS „Clyde” i HMS „Diligence”. W 1803 roku po wypowiedzeniu wojny Francji służył na HMS „Grampus”. W 1805 roku otrzymał awans na porucznika. Poważnie ranny w 1806 roku podczas abordażu na statek hiszpański – w 1809 roku otrzymał rentę z tytułu odniesionych obrażeń. Od 1808 roku służył na HMS „Victory” – jednej z jednostek ochraniających brytyjskie statki handlowe na Morzu Bałtyckim. Flota brytyjska była wspierana przez siły szwedzkie, które były osłabione – załogi szwedzkie rekrutowały się z biednych chłopów. Posługujący się szwedzkim Ross został oddelegowany jako oficer łącznikowy do marynarki szwedzkiej. W 1812 roku Ross został awansowany na stopień komandora i został dowódcą HMS „Briseis”. W tym samym roku przyjął na statek jako first-class volunteer swojego bratanka Jamesa Clarka Rossa (1800–1862).