W 1939 był komendantem 401 szpitala wojennego. 6 września dowodzony przez Paczesnego szpital został ewakuowany na wschód. Po agresji ZSRR z 17 września 1939 dostał się do niewoli radzieckiej. Według stanu z 28 października 1939 był jeńcem kozielszczańskiego obozu przejściowego. Jest wymieniony na liście generałów i starszych oficerów w korespondencji naczelnika kozielszczańskiego obozu z Zarządem NKWD ZSRR do spraw Jeńców Wojennych (UPW), jako komendant szpitala garnizonowego. 4 listopada 1939 został przeniesiony do obozu jenieckiego w Kozielsku. Ostatnia wiadomość od Paczesnego dotarła do rodziny w grudniu 1939. Między 7 a 9 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 015/2 poz 83, nr akt 1189 z 5.04.1940. Został zamordowany między 9 a 11 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim i tam pogrzebany. 28 lipca 2000 nastąpiło oficjalne otwarcie w tym miejscu Polskiego Cmentarza Wojennego w Katyniu. Zidentyfikowano go podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943 – wpis w księdze czynności pod datą 28 maja 1943. Figuruje na liście AM-257-3484 (nazwisko zapisano jako Paszesny) i Komisji Technicznej PCK GARF-127-03484.