W 2021 wygrał Tour de France po raz drugi. Na 8. etapie do Le Grand-Bornand zaatakował ponad 30 km przed metą, odjechał pozostałym rywalom w klasyfikacji generalnej i objął prowadzenie w wyścigu. W tym samym sezonie odniósł pierwsze zwycięstwa w monumentach kolarskich – Liège-Bastogne-Liège i Giro di Lombardia. Zwycięstwo w Lombardii sprawiło, że został pierwszym od Bernarda Hinaulta w 1979 kolarzem, który w jednym roku wygrał Tour de France i Giro di Lombardia.
2022–2023: dwukrotnie drugi w Tour de France W Tour de France 2022 Pogačar stracił prowadzenie na 11. etapie do Col du Granon. Zespół Jumbo-Visma wielokrotnie atakował go wcześniej na trasie, a Jonas Vingegaard odjechał 4,9 km przed metą, wygrał etap i przejął żółtą koszulkę. Pogačar zakończył wyścig na drugim miejscu; był to pierwszy z dwóch kolejnych Tourów przegranych z Vingegaardem.
Wiosną 2023 Pogačar wygrał m.in. Paryż-Nicea i Ronde van Vlaanderen, lecz w kwietniu złamał nadgarstek. W maju nie mógł trenować zgodnie z pierwotnym planem, a do ścigania wrócił pod koniec czerwca. W Tour de France ponownie zajął drugie miejsce za Vingegaardem, tym razem ze stratą 7 min 29 s.