Akcja scaleniowa w terenie początkowo przebiegała z oporami przez chęć oddziałów do zachowania jak największej autonomii dlatego na samym początku skupiono się na stworzeniu wspólnych dowództw dla poszczególnych regionów. Dodatkowym utrudnieniem było także rozbicie dowództwa FFI: Komendant Krajowy gen. Pierre Kœnig urzędował w Londynie, szef sztabu (początkowo gen. „Pontcarral”, zastąpiony następnie przez gen. „Joinville”) przebywał natomiast w okupowanym kraju.
Struktury centralne FFI thumb|130px|Krzyż Kombatanta-Ochotnika Ruchu Oporu
Dowództwo Centralne Naczelny KomendantNazywany także Komendantem Krajowym: gen. korpusu armii Marie-Pierre Kœnig (Wielka Brytania) Szefowie Sztabu: gen. bryg. Pierre Dejussieu ps. „Pontcarral” (Francja) – do maja 1944 (aresztowany) gen. bryg. Alfred Malleret ps. „Joinville” (Francja) – od maja 1944
Wojskowa Delegatura Narodowa (DZM) Delegatami byli wysłannicy Francuskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego, a następnie Rządu Tymczasowego Republiki Francuskiej.