Lecz fatum spadło również i na niego – 2 września 1507 ks. de Castella został porwany. Powrócił z niewoli w 1511 i objął swoje poprzednie stanowisko.

W 1530 rycerze św. Jana objęli wyspę w posiadanie. Wielki mistrz Juan de Homedes darował to beneficjum ks. Pietrowi Burlò. W każdą niedzielę odprawiana była tam msza św., w święto patronalne 25 marca śpiewane były nieszpory, odprawiano uroczystą mszę św. oraz urządzano fiestę. Około 1600 kościół został przebudowany przez jego rektora ks. Paola Tabone. W 1663 wizytował świątynię biskup Balaguer, zaś w 1678 biskup de Molina. Na początku XVIII wieku kościół przeszedł kolejną przebudowę, dobudowana została zakrystia, gdzie ówczesny rektor ks. Ercole Martino Testaferrata, umieścił herb swojej rodziny. 20 lipca 1889 ziemia, na której stoi kościół, oraz wszelkie benefity przeszły na 99 lat na niejakiego Savatore Antonio Grecha, co potwierdza tablica znajdująca się po prawej stronie fasady budynku.