W 1906 roku przy skrzyżowaniu ulicy Marszałkowskiej i Alei Jerozolimskich w Warszawie otworzył własny zakład fotograficzny, przekształcając go w 1910 roku w Agencję Fotograficzną Mariana Fuksa Propaganda – współpracującą z prasą ogólnopolską oraz zagraniczną. W 1910 roku był jednym z inicjatorów utworzenia Stowarzyszenia Fotografów Zawodowych Królestwa Polskiego. W 1914 roku był inicjatorem i współzałożycielem Stowarzyszenia Pracowników Fotografii, zrzeszającego właścicieli fotograficznych firm żydowskich, którym kierował w latach 1914–1932.
Zajmował się także reportażem filmowym; sfilmował m.in. pogrzeb Bolesława Prusa (1912) i liczne ważne lub sensacyjne wydarzenia (m.in. proces Damazego Macocha, hr. Ronikera). Podjął się również realizacji filmów fabularnych (Obłąkany, 1912, ze Stefanem Jaraczem; Carewicz, 1918).
Marian Fuks zmarł w 23 lutego 1935, pochowany 27 lutego na cmentarzu ewangelicko-augsburskim w Warszawie przy ulicy Młynarskiej. Archiwum fotograficzne Mariana Fuksa zostało zniszczone podczas działań wojennych w 1939 roku.
W 2018 roku w warszawskim Domu Spotkań z Historią zorganizowano wystawę fotografii Mariana Fuksa, nawiązującą do 100.