Historia Styczeń 2004 r. to początek rozwoju KNIME na Uniwersytecie w Konstancji, gdzie został stworzony przez zespół programistów jako produkt prawnie zastrzeżony. Pierwsi deweloperzy pod przewodnictwem Michaela Bertholda wywodzili się z Doliny Krzemowej, z firmy dostarczającej oprogramowanie dla przemysłu farmaceutycznego. Od początku głównym celem było stworzenie modułowej, wysoko skalowalnej i otwartej platformy przetwarzania danych, która umożliwiłaby łatwą integrację różnych modułów ładowania, przetwarzania, transformacji, analizy i wizualnej eksploracji danych bez skupiania się na jakimkolwiek szczególnym obszarze zastosowania. W samym zamierzeniu platforma miała być platformą współpracy i badań, a także służyć jako miejsce integracji dla różnych innych projektów analizy danych.
W połowie 2006 r. ukazała się pierwsza publiczna wersja platformy. Od tego momentu niektóre firmy farmaceutyczne zaczęły wykorzystywać KNIME, a wielu dostawców oprogramowania w dziedzinie nauk przyrodniczych zaczęło integrować swoje narzędzia z tą platformą. Nieco później, w tym samym roku, po ukazaniu się artykułu w niemieckim magazynie c’t, KNIME zaczęli używać również użytkownicy z wielu innych obszarów i dziedzin. Od czerwca 2008 r.