Od czasu utworzenia Bundesligi Bayern wygrał ją 30 razy, a od sezonu 2012/2013 do sezonu 2023/24 wygrywał ją nieprzerwanie, co jest dotychczas najdłuższą mistrzowską serią w Bundeslidze.
(1900-1918) Początki thumb|left|Akt założycielski Bayernu thumb|Stary herb Bayernu thumb|Bayern w 1900 W 1879 roku powstał , klub założony przez czterech gimnastyków niezadowolonych z funkcjonowania innego klubu gimnastycznego TSV 1860 Monachium. W latach 90. XIX wieku w MTV powstały nowe sekcje sportowe, a w 1897 roku sekcja piłkarska. Do utworzenia zespołu Bayern Monachium przyczyniła się niechęć Walnego Zgromadzenia MTV do przyłączenia się do Południowoniemieckiego Związku Piłki Nożnej (Süddeutscher Fußball-Verband). Jeden z niezadowolonych piłkarzy Franz John wraz z grupą sprzymierzeńców sporządzili dokument zawierający 17 podpisów w celu powołania do życia nowego klubu, klubu piłkarskiego. 27 lutego 1900 roku w monachijskiej restauracji „Bäckerhöfl” zostało zorganizowane Walne Zgromadzenie MTV, na którym obecny był m.in. Franz John. John został oskarżony wprowadzanie zamętu w klubie. Według innej wersji zawodnicy pokłócili się z kierownictwem klubu na temat tego czy w meczach towarzyskich mają grać ustawieniem 3-5-2 czy 2-4-4.