W 1936 roku został mianowany pierwszym (i jedynym) inspektorem ds. ochrony środowiska. Funkcję tę sprawował przez prawie 10 lat, aż do jej likwidacji w 1940 roku przez reżim sowiecki. Jako inspektor przyczynił się do kompilacji listy gatunków chronionych, a także do utworzenia w 1939 roku ogrodu zoologicznego.
W latach 1941–1942 pracował ponownie jako nauczyciel, by powrócić na stanowisko inspektora, przywrócone przez reżim nazistowski. Stanowisko zostało ostatecznie zlikwidowane w 1945 roku. Po utworzeniu wydziału botaniki Estońskiego Muzeum Historii Naturalnej objął jego kierownictwo. W 1950 roku przeszedł na emeryturę.
Vilbaste zmarł 21 lutego 1967 roku w Tallinnie.
Działalność Od 1907 roku Vilbaste systematycznie zbierał estońskie nazwy roślin w odpowiedzi na akcje Estońskiego Towarzystwa Studentów Üleskutse, by stworzyć pełny wykaz nazw. Pierwszy wykaz nazw estońskich roślin został wydany w 1917 roku, a Vilbaste wzmiankowany jako jeden z czterech głównych korespondentów, którzy przyczynili się do jego powstania. W latach późniejszych sam organizował akcje zbierania nazw, opisów ich zastosowania, wszelkich informacji na ich temat oraz samych okazów. Pomagali mu nauczyciele wiejscy i uczniowie. W 1950 roku napisał rozprawę na temat dzikich roślin jadalnych, która jednak nie ukazała się drukiem.