Puchar Świata w biathlonie 1989/1990 to 13. sezon w historii tej dyscypliny sportu. Pierwsze zawody odbyły się 14 grudnia 1989 r. w austriackim Obertilliach, zaś sezon zakończył się 18 marca 1990 w fińskim Kontiolahti. Najważniejszą imprezą sezonu były mistrzostwa świata w Mińsku/Oslo/Kontiolahti.
Klasyfikację generalną pań wygrała Jiřina Adamičková z Czechosłowacji. Druga w klasyfikacji była Norweżka Anne Elvebakk, a trzecie miejsce zajęła Jelena Gołowina z ZSRR. Adamičková wygrała też klasyfikację sprintu, a w klasyfikacji biegu indywidualnego najlepsza była Gołowina. W Pucharze Narodów i klasyfikacji sztafet triumfowały reprezentantki ZSRR.
Wśród panów triumf odniósł reprezentant ZSRR, Siergiej Czepikow, który wyprzedził Norwega Eirika Kvalfossa i swego rodaka, Walerija Miedwiedcewa. Klasyfikację biegu indywidualnego także wygrał Czepikow, a w klasyfikacji sprintu najlepszy był kolejny radziecki biathlonista - Jurij Kaszkarow.