Smele, Civil war..., s. 241.. 2 czerwca 1919 r. objął stanowisko ministra wojny w rządzie Kołczaka, zachowując dotychczasowe stanowisko w jego armiiJ. D. Smele, Civil war..., s. 475.. Tymczasem ofensywa wiosenna zakończyła się klęską białych: w końcu kwietnia i w pierwszej połowie maja 1919 r. czerwoni przeszli do generalnej kontrofensywyJ. D. Smele, Civil war..., s. 316..
Po klęskach, jakie ponieśli biali w czerwcu 1919 r. (kolejno utrata Głazowa, Sarapułu, Iżewska oraz Ufy), pod wpływem sugestii gen. Radoli Gajdy oraz gen. Michaiła Diterichsa Kołczak dokonał zmian w strukturze dowodzenia Armii Rosyjskiej, w rezultacie których Lebiediew, zachowując dotychczasowe stanowiska, w istocie zachował kontrolę już tylko nad stosunkowo mało znaczącą Południową Grupą WojskJ. D. Smele, Civil war..., s. 475-476.. Lebiediew szybko jednak odzyskał dawne zaufanie Kołczaka i już w lipcu 1919 r. ponownie miał decydujący wpływ na dalsze plany jego siłJ. D. Smele, Civil war..., s. 478-479..