Ministerstwo Środowiska – urząd administracji rządowej wchodzący w skład rządu Estonii.
Ministerstwo Środowiska utworzono w strukturach Estońskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej 21 grudnia 1989. Ministerstwo to kontynuuje prace wcześniejszych urzędów funkcjonujących w pierwszej Republice Estońskiej i ESRR zajmujących się leśnictwem i ochroną przyrody, rozpoczynając od powołanego w 1935 zarządu parków narodowych. Pierwszym ministrem po odzyskaniu niepodległości w 1991 został Tõnis Kaasik. Ministerstwo w latach 90. XX w. i na początku XXI w. mieściło się w kilku lokalizacjach na terenie Tallinna. Pod koniec 2004 przeniosło się do siedziby w biurowcu na ulicy Narva maantee 7a.
W trakcie organizacji nowego państwa tworzono też struktury ministerstwa i jednostek mu podległych. Od odzyskania niepodległości funkcjonuje instytut powstały z przekształcenia radzieckiej służby hydrologiczno-meteorologicznej. W połowie lat 90. XX w. w ministerstwie znajdowało się kilka departamentów, o różnych kompetencjach, w tym zajmujący się reformą rolną. Powstał również inspektorat ochrony środowiska, zajmujący się m.in.