W latach 1873–1900 Museo del Prado pomogło wyposażyć w dzieła sztuki ratusze, nowe uniwersytety i kościoły. W chwili rozbudowy w 1918 roku na kolekcję muzealną składało się ponad 2300 obrazów. Obecnie (stan na luty 2017 r.) na kolekcję składa się ponad 35 000 obiektów, w tym 8045 obrazów, 9561 rycin, 971 rzeźb, 1189 dzieł sztuki dekoracyjnej, 2155 medali i monet, 38 elementów zbroi i broni, ponad 15 000 fotografii i 155 map.
Podobnie jak kolekcje w innych miastach europejskich (Luwr w Paryżu czy Galeria Uffizi we Florencji), kolekcja Prado wyrosła z osobistych preferencji dynastii rządzącej. Odzwierciedla więc upodobania królów, ich sojusze i układy polityczne, a przez to jest kolekcją asymetryczną: doskonale jest w niej reprezentowane malarstwo hiszpańskie, jednak zauważyć można braki przedstawicieli innych szkół malarstwa; próby korekty tej sytuacji podejmowane są z różnym skutkiem. Prado nie jest więc muzeum z ekspozycją ułożoną encyklopedycznie (jak ma to miejsce w Ermitażu, National Gallery w Londynie, czy pobliskim Muzeum Thyssen-Bornemisza), bardziej należy na jego kolekcję spojrzeć przez perspektywę wyraźnie skrystalizowanego rdzenia złożonego z obrazów realizowanych na zamówienie pod gusta kilku monarchów.
Malarstwo