Po sezonie 2009 spadł do I ligi. W 2010 przegrał mecz barażowy z Włókniarzem Częstochowa. Natomiast w 2011 awansował do ekstraligi, w dużym stopniu dzięki Darcy’emu Wardowi wypożyczonemu z Unibaksu Toruń.
W 2014 roku spółka GKS Wybrzeże S.A. straciła licencję na starty w rozgrywkach o DMP z powodu kłopotów finansowych. Przed startem sezonu 2015 działające niezależnie od spółki akcyjnej stowarzyszenie GKŻ Wybrzeże Gdańsk otrzymało licencję na starty w II lidze.
Od 2016 do 2024 roku klub występował w I lidze. W 2017 przegrał mecze barażowe z KS Toruń, 43:47 w Toruniu i 40:50 w Gdańsku.
28 listopada 2023 klub poinformował o założeniu spółki Wybrzeże Gdańsk SA, co było warunkiem koniecznym do przystąpienia do procesu licencyjnego przed sezonem 2024. Zmiany w warunkach licencyjnych wynikały z przejęcia rozgrywek 1 ligi żużlowej przez Ekstraligę Żużlową oraz zmiany jej na ligę zawodową.
W 2024 roku klub zajął ostatnie miejsce w lidze, co skutkowało spadkiem do najniższej polskiej klasy rozgrywkowej, Krajowej Ligi Żużlowej.