Okres lęgowy zmienny w zależności od regionu występowania. Wpływ na niego ma stan wód, a w terenach zalanych całorocznie – prawdopodobnie temperatura. Na południowym zachodzie kontynentu występuje w miarę stała pora rozrodu, lęgi trwają od sierpnia do grudnia. Gniazda budowane są na krzewach, wśród nadbrzeżnej roślinności lub na ziemi. Mają formę płytkich misek zbudowanych z patyków i roślin wodnych. Zniesienie liczy od 2 do 5 jaj. Wysiadywanie trwa 3,5 tygodnia. Młodymi zajmują się obydwoje rodzice. Po 4 tygodniach są w pełni opierzone. Po lęgach szybko występuje znacząca dyspersja polęgowa, młodociane osobniki samotnie wędrują i obserwowane są w nietypowych dla gatunku środowiskach. Przez IUCN ibis żółtoszyi klasyfikowany jest jako gatunek najmniejszej troski (LC, Least Concern) nieprzerwanie od 1988 (stan w 2019). Przekształcanie środowiska przez człowieka działa na populację dwojako. Osuszanie bagien celem uzyskania terenów pod uprawy czy wypas pozbawia je środowiska odpowiedniego do gniazdowania, lecz korzystają na przykład na budowie tam i powstawaniu zbiorników retencyjnych oraz na nawadnianiu upraw.