Do marca 1945 przebywał w więzieniu w Kałudze, a następnie do maja 1945 pracował przy odgruzowaniu fabryki (łagier Liudinowo) i od czerwca 1945 (w łagrze Tichanowaja Pustyń) pracował przy odbudowie magazynów ziarna. W dniu 15 sierpnia 1945 został zwolniony na mocy amnestiiNota biograficzna w: Witold Czarnecki, Losy żołnierzy kresowych Armii Krajowej, Zarząd Okręgu Białostockiego Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej, Białystok, 2010, s. 200, ..
Okres powojenny thumb|220px|Prof. zw. Witold Czarnecki – uroczystość nadania tytułu Profesora Honorowego Politechniki Białostockiej (2016) W 1948 ukończył Liceum Budowlane w Białymstoku i zdał egzamin wstępny na Politechnikę Warszawską. Został skreślony z osób przyjętych na studia (razem z 40 osobami z Armii Krajowej) i krótko pracował w biurze budowy Trasy W-Z w Warszawie. W listopadzie 1948 dostał się na studia inżynierskie na Wydziale Architektury Politechniki Gdańskiej, które ukończył w 1952. Został asystentem. W 1954 uzyskał dyplom magisterski. W latach 1955–1960 pracował także w biurach projektowych w Gdańsku i Gdyni.