Knoppix bazuje na pakietach deb i jest wyposażony w menedżer pakietów APT.
Wersja Knoppiksa na płycie DVD (wprowadzona dopiero w Knoppiksie 4.0) zawiera około 9 GB aplikacji. Dodano w niej wygodniejszy od Kpackage menedżer pakietów Synaptic, KOffice, Chromium, Icedove (Thunderbird), LibreCAD, więcej oprogramowania multimedialnego i gier.
Domyślnym środowiskiem graficznym jest LXDE, ale w wersji DVD KNOPPIX’a, można uruchomić także KDE lub GNOME, poprzez wprowadzenie z klawiatury odpowiedniego parametru podczas startu (tzw. boot cheat code).
Aby przy każdym uruchamianiu Knoppiksa nie trzeba było go konfigurować, dołączony został program zapisujący konfigurację Knoppiksa na dysku twardym. W Knoppiksie można znaleźć również podobny program do tworzenia katalogu domowego na dysku. Obsługuje wiele języków (angielski, niemiecki, polski, francuski, rosyjski, japoński), ale nie jest w pełni spolszczony.
Na Knoppiksie bazuje wiele dystrybucji, m.in. Damn Small Linux, Puppy Linux, Gnoppix. Knoppix jest często używany do demonstrowania możliwości Linuksa, testowania sprzętu lub jako narzędzie naprawcze.