W październiku 2009 Michalis Chrisochoidis stanął na czele tego samego resortu (ówcześnie pod nazwą ministerstwo ochrony obywateli) u Jorgosa Papandreu, kierował nim do września 2010. W tym czasie nastąpiły aresztowania działaczy terrorystycznej grupy Walka Rewolucyjna.
Michalis Chrisochoidis był następnie ministrem rozwoju, konkurencyjności i żeglugi w tym samym rządzie oraz w gabinecie Lukasa Papadimosa. Później w tym ostatnim od marca do maja 2012 ponownie zajmował stanowisko ministra ochrony obywateli. W lipcu 2013 w koalicyjnym rządzie Andonisa Samarasa objął urząd ministra infrastruktury i transportu, który sprawował do stycznia 2015.
Nawiązał później współpracę z Kiriakosem Mitsotakisem z Nowej Demokracji. W lipcu 2019 w jego nowym gabinecie kolejny raz został ministrem ochrony obywateli. Przyjęcie tej nominacji skutkowało wykluczeniem go z PASOK-u. Urząd ministra sprawował do sierpnia 2021. Związał się również z partią premiera – Nową Demokracją. Z jej ramienia w wyborach w maju 2023 uzyskał mandat deputowanego (reelekcja w czerwcu 2023). W czerwcu 2023 w nowo powołanym drugim rządzie Kiriakosa Mitsotakisa objął stanowisko ministra zdrowia.