Synod odbył się pod przewodnictwem , arcybiskupa Goa rytu łacińskiego. Archidiakon Jerzy od Krzyża został zmuszony do przychylenia się do woli arcybiskupa. W rezultacie chrześcijanie św. Tomasza oddzielili się od Kościoła Wschodu mającego swego patriarchę w Persji i zostali poddani bezpośredniej jurysdykcji łacińskiego arcybiskupa Goa. Arcybiskupstwo Angamaly zostało w 1600 roku zdegradowane do rangi biskupstwa i włączone do metropolii Goa. W ten sposób narzucono portugalski protektorat (Padroado) i biskupi dla chrześcijan św. Tomasza byli powoływani przez królów portugalskich.
thumb|240px| (Ecce Homo) w Goa, ówczesnej stolicy Indii Portugalskich. Jeden z najstarszych kościołów katolickich w Indiach, wzniesiony w ramach misji jezuickiej. Konsekrowana w maju 1605 r. przez arcybiskupa . Została zbudowana przez jezuitów na wzór portugalskich kościołów jezuickich, takich jak kościół Ducha Świętego w Évora i kościół św. Rocha w Lizbonie. W kaplicy transeptu znajdują się relikwie Franciszka Ksawerego, bardzo bliskiego przyjaciela św. Ignacego Loyoli. Franciszek rozpoczął misje jezuickie w Goa w 1542 r. w charakterze wysłannika królewskiego i nuncjusza apostolskiego.