O 8:45 papież złożył wizytę w szpitalu Zimpeto. O 10:00 odprawił mszę świętą na Estádio do Zimpeto. O 12:25 na lotnisku w Maputo odbyła się ceremonia pożegnalna; dwadzieścia minut później papież odleciał samolotem na Madagaskar; o 16:30 madagaskarskiego czasu samolot z papieżem wylądował na lotnisku w Antananarywie. Po ceremonii powitania papież miał wolne popołudnie.
7 września
O 9:30 papież w Pałacu Prezydenckim spotkał się z prezydentem Madagaskaru, Andrym Rajoeliną. Po spotkaniu z prezydentem papież spotkał się z mieszkańcami, władzami i korpusem dyplomatycznym Madagaskaru. O 11:15 w klasztorze w Antanarywie papież spotkał się z przedstawicielami mediów Madagaskaru; po spotkaniu zjadł obiad w nuncjaturze Madagaskaru. O 16:00 w katedrze Andohalo papież spotkał się z duchowieństwem Madagaskaru. O 17:10 nawiedził grób błogosławionej Victoire Rasoamanarivo. O 18:00 papież spotkał się z młodzieżą w obozie Soamandrakizay.
8 września
O 10:00 w obozie Soamandrakizay papież odprawił mszę świętą. O 12:00 odmówił z wiernymi modlitwę Anioł Pański i zjadł obiad. O 15:10 papież odwiedził miasto Akamasoa;