Peto była powszechnie krytykowana za swoją pracę, między innymi ze względu na nieprzeprowadzenie wywiadów z żadnym z pracowników, studentów, Ocalałych czy opiekunów zaangażowanych w oba programy i opierała swoje wnioski w całości na badaniach internetowych. OISE był także krytykowany za zaniżone standardy akademickie, skoro przyjął pracę bez odpowiednich źródeł. Krytyka Peto była powszechna w Kanadzie i za granicą, a włączyła się w nią także Legislatura Ontario.
„To nie nauka, to ideologia. Jest całkowicie ahistoryczna, uważam ją za pełną przekłamań i fałszu, opiera się na nieprzemyślanej i bardzo marnej analizie. Graniczy z antysemityzmem. Jestem zszokowany, że byłaby akceptowalna przez prestiżowy uniwersytet”, skomentował kanadyjski historyk Irving Abella.
Pracownicy uniwersytetu i inni bronili Peto, twierdząc, że akademicka wolność słowa jest decydującą wartością. Peto przypisywała kontrowersje oszczerczym wysiłkom „prawicowych, proizraelskich grup i jednostek”. „Nie pierwszy to raz jestem obrzucana błotem przez proizraelskie grupy i jestem pewna, że nie ostatni”, powiedziała.