Taksonomia i ewolucja Takson ten wprowadzony został w 1815 roku przez Williama Elforda Leacha jako niezależna rodzina. W 1909 George Willis Kirkaldy sklasyfikował go jako podrodzinę w obrębie tarczówkowatych, ale już w 1917 został przywrócony do rangi rodziny przez Edwarda Van Duzee. Dennis Leston w 1958 umieszczał żółwinkowate w pozycji siostrzanej do pawężowatych, natomiast R.H. Cobben w pracy z 1978 roku upatrywał ich najbliższych krewnych wśród Dinidoridae i Tesseratomidae. Victor dela Paz Gapud w 1991 roku jako grupę siostrzaną dla żółwinkowatych wskazał Canopidae. Molekularno-morfologiczna analiza filogenetyczna Jocélii Grazii i innych z 2008 wsparła monofiletyzm żółwinkowatych, ale nie udało jej się wskazać jednoznacznej pozycji na drzewie rodowym tarczówek.
Do 2012 roku opisano około 450–500 gatunków żółwinkowatych.