Przez obóz przeszło co najmniej 7250 więźniów. Niemal wszyscy, wyłączając 300 niemieckich kryminalistów przysłanych, by pełnili rolę więźniów funkcyjnych, byli Żydami pochodzącymi z różnych państw Europy. Więźniów zmuszano do pracy przy rozbiórce ruin getta oraz przy pozyskiwaniu i segregowaniu wszelkiego wartościowego mienia znajdującego się jeszcze na jego terenie. Obóz oraz przylegające do niego ruiny były także wykorzystywane przez Niemców jako miejsce egzekucji. Masowo rozstrzeliwano tam polskich więźniów politycznych, ofiary łapanek oraz Żydów ujętych „po aryjskiej stronie”. Liczba ofiar KL Warschau jest szacowana na około 20 tys.
Latem 1944 roku, w związku ze zbliżaniem się Armii Czerwonej, Niemcy przystąpili do ewakuacji warszawskich więzień i obozów. 27 lipca dowódca straży KL Warschau, SS-Unterscharführer Heinz Villain, polecił wszystkim więźniom, którzy nie czuli się na siłach sprostać trudom pieszego marszu, aby zgłosili się do obozowego lazaretu. Esesmani rzekomo mieli bowiem zapewnić chorym i wyczerpanym Żydom transport wozami konnymi. W rzeczywistości wszyscy, którzy zgłosili się jako niezdolni do marszu, zostali rozstrzelani. Razem z nimi wymordowano pacjentów izby chorych. Łącznie zginęło wtedy około 400 więźniów. Następnego dnia blisko 4 tys. Żydów pognano pieszo w kierunku Kutna.