W latach 1972–1980 był prodziekanem Wydziału Farmaceutycznego. Od 1973 był p.o dyrektora, od 1975 dyrektorem Instytutu Farmakodynamiki i Analityki Medycznej, następnie Instytutu Leku, od 1984 kierownikiem Katedry i Zakładu Farmakologii na Wydziale Farmaceutycznym ŚAM. W latach 1982–1989 prorektorem ŚAM ds. rozwoju uczelni. W 1984 otrzymał tytuł profesora nauk medycznych. W 2005 przeszedł na emeryturę, w 2016 otrzymał tytuł profesora honorowego Śląskiego Uniwersytetu Medycznego.
Piastował stanowisko wiceprezesa Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego, był członkiem Komitetu Narodowego do spraw Współpracy z Międzynarodową Unią Farmakologii (IUPHAR), a także Komitetu Terapii i Nauk o Leku VI Wydziału Nauk Medycznych Polskiej Akademii Nauk, International Bone and Mineral Society, Polskiego Towarzystwa Lekarskiego, Polskiego Towarzystwa Osteoartrologii, Polskiego Towarzystwa Farmakologicznego i Polskiego Towarzystwa Fizjologicznego.
Zmarł 26 lipca 2019. mały|Grób prof. Waldemara Jańca na cmentarzu przy ul. Francuskiej w Katowicach Odznaczenia 2010: Medal im.