Pracę rozpoczął od uporządkowania księgozbioru, co jednak przerwała sekularyzacja klasztorów (1802–1803).
W 1802 roku Schrettinger, wraz z innymi zakonnikami, wysłał pismo do władz Monachium popierające likwidację klasztoru. W tym samym roku sam wystąpił z zakonu. W 1803 roku otrzymał oficjalną zgodę na jego opuszczenie.
1803–1844 mały| Biblioteka Królewska i Nadworna w Monachium, 1837 W 1803 roku Martin Schrettiger rozpoczął pracę w Bibliotece Królewskiej i Nadwornej w Monachium kolejno na stanowiskach: kustosza, podbibliotekarza i zastępcy kierownika biblioteki. Głównym jego zajęciem było opracowanie zbiorów. W międzyczasie przywrócono w Bawarii zakon benedyktynów. Schrettinger nie wrócił jednak do życia zakonnego, ale pozostał w stanie duchownym. W 1814 został kapłanem przy dworze królewskim, od 1839 pełnił funkcję kanonika przy kościele św. Kajetana. Głównym jego zajęciem pozostała praca w bibliotece i dążenie do uczynienia z niej instytucji użytkowej.
1844–1851 W 1844 roku na życzenie Schrettingera zwolniono go z pracy w Bibliotece Królewskiej i Nadwornej.