4 grudnia 1934 został przeniesiony z 10 pułku do Dowództwa Obszaru Warownego „Wilno” na stanowisko kierownika kancelarii głównej. Na tym stanowisku pełnił służbę do 1939. Na stopień kapitana został mianowany ze starszeństwem z 19 marca 1937 i 62. lokatą w korpusie oficerów administracji, grupa administracyjna. Zgodnie z obowiązującą wówczas pragmatyką oficerską, jako oficer kawalerii przeniesiony do grupy administracyjnej korpusu oficerów administracji zachował umundurowanie oficera korpusu osobowego kawalerii oraz prawo do tytułu rotmistrza.mały|191x191px|Herb Pierzchała/Roch W kampanii wrześniowej 1939 objął dowództwo nad pięcioma szwadronami marszowymi (złożonymi z żołnierzy 2 i 10 pułku ułanów oraz ochotników) wchodzącymi w skład Brygady Rezerwowej Kawalerii Wołkowysk. Na rozkaz generała Wacława Przeździeckiego od 15 września na czele swojego oddziału operował w rejonie Białystok-Wołkowysk staczając liczne potyczki z sowietami. Uczestnik walk pod Dubnem (19 września), starcia z dywersantami i sowieckimi oddziałami pancernymi w Skidlu (20–21 września), Obrony Grodna, starć pod Sopoćkiniami i bitwy pod Kodziowcami (21/22 września 1939). Według relacji, 20 września w rejonie Skidla oddział rtm. Wiszowatego zniszczył w nierównej walce z doborowymi oddziałami wroga 4 czołgi sowieckie.