Sezon 2006/2007 był dla Wisły Kraków 11. sezonem z rzędu, a 67. w całej historii klubu, w najwyższej klasie rozgrywkowej w polskim systemie ligowym w piłce nożnej. Zespół rozpoczął przedsezonowe treningi 19 czerwca, a zajęcia przygotowawcze odbywały się we Włoszech, Małopolsce i Niemczech. W przerwie zimowej obozy szkoleniowe przeprowadzono w Turcji. Pierwszym spotkaniem, które rozegrała drużyna, był sparing 24 czerwca z reprezentacją miasta Salsomaggiore. Krakowski klub rozpoczął sezon ligowy 29 lipca meczem u siebie z Górnikiem Zabrze. Z Pucharu Polski odpadł w 1/8 finału po porażce z Ruchem Chorzów. W pierwszej edycji Pucharu Ekstraklasy drużyna dotarła do półfinału. Wisła po dwóch rundach kwalifikacji wzięła udział w fazie grupowej Pucharu UEFA. Na koniec sezonu zespół uplasował się na 8. pozycji. W ramach obchodzenia stulecia powstania krakowskiego klubu rozegrano mecze towarzyskie z Celtikiem Glasgow i Sevillą FC.
Działalność klubu
Przed sezonem W styczniu osiągnięto porozumienie z Michaelem Thwaitem, który po wygaśnięciu kontraktu w Nationalu Bukareszt miał przenieść się latem do krakowskiego zespołu.