Kościół katolicki rozpoczął intensywną pracę misyjną dopiero w latach 20. XX wieku. Podobnie było z pierwszymi misjami kościołów protestanckich, które początkowo pojawiły się na południu za sprawą jedynie amerykańskich misjonarzy. Misje protestanckie miały duży wpływ na rozwój kraju dzięki budowie szpitali, szkół i zorganizowanych osiedli na długo przed podobnymi inwestycjami francuskich administratorów.

Kościół katolicki pierwszą placówkę założył w Kou, niedaleko Moundou, a następnie rozszerzono działalność na Kélo w 1935 roku, oraz Sarh w 1939 roku. W 1946 roku kościelnym aktem utworzono cztery diecezje, w których główną rolę odgrywały zakony jezuitów i kapucynów. Na początku lat 70. działalność misji chrześcijańskich została mocno zahamowana przez nacjonalistyczną i proafrykańską politykę prezydenta François Tombalbaye. Obecnie w Czadzie jest 8 diecezji, wśród których Ndżamena pełni funkcję archidiecezji, a Mongo – prefektury apostolskiej.

Od początku lat 90. obserwuje się powrót misjonarzy.