Powstanie i rozwój Pierwsza farma założona przez Europejczyków w Australii została nazwana Cove, a założona została w 1788 roku przez gubernatora Arthura Phillipa. Farma Cove okazała się nieekonomiczna, ale na jej terenie już w 1816 roku gubernator Lachlan Macquarie założył Ogród Botaniczny, który stał się częścią majątku gubernatora Australii. W 1817 roku Macquarie powołał pierwszego Kolonialnego Botanika, Charlesa Frasera, którego zadaniem było zbadanie flory i fauny na kontynencie australijskim. Ogród jest najstarszą instytucją naukową w Australii i od samego początku swojego istnienia stał się ważnym ośrodkiem dla aklimatyzacji europejskich roślin na nowym kontynencie.
Rozwój w latach 1816–1899 Charles Fraser, główny botanik ogrodu w latach 1821–1831, został mianowany pierwszą osobą, która była odpowiedzialna za rozwój ogrodu i jego terenów z punktu naukowego. Fraser odbył wiele wypraw w głąb kontynentu wspólnie z Johnem Oxley, z którym zebrali pokaźne zbiory próbek zarówno zwierząt, jak i roślin. Rośliny z podróży Frasera do Brisbane w 1827 roku były pierwszymi, które przetrwały pierwszą zimę i przez długi czas były podstawą flory ogrodu. Czerwony Cydr przywieziony przez Frasera do dzisiaj rośnie koło palmiarni w centrum ogrodu.