Zagrał także w 6 spotkaniach Pucharu UEFA, w których strzelił 2 bramki.
Afery i zawieszenie
W dniu 21 września 2006 Flachi został zawieszony na dwa miesiące przez Włoską Federację Piłki Nożnej, ponieważ dochodzenia wykazały, że on i kolega z drużyny Moris Carrozzieri zbierali informacje dla hazardzistów dotyczące włoskiej piłki nożnej.
28 stycznia 2007, w wyniku kontroli antydopingowej po przegranym 0−2 meczu z Interem Mediolan, w organizmie Flachiego znaleziono ślady kokainy. W dniu 31 maja został zawieszony na 16 miesięcy, a później zakaz został przedłużony do dwóch lat. W rezultacie jego umowa z Sampdorią została anulowana.
W grudniu 2009, jako zawodnik Brescii Calcio, podobnie uzyskał pozytywny wynik kontroli antydopingowej na obecność w organizmie kokainy. Konsekwencją tego było 12-letnie zawieszenie, w wyniku którego zakończył karierę zawodniczą.
Ostatnie lata kariery